通常の缶詰では、菌の繁殖・発酵は止まった状態で詰められる。しかしシュールストレミングは、春先の産卵期にある一番良い状態のニシンを獲り、樽の中にニシンと塩を交互に重ねて1ヶ月から2ヶ月漬け込んだ後、まだ発酵中のニシンを缶詰にして二次発酵させ、夏に食べる。解禁日は八月の第三木曜日。製品によっては気温が高いと発酵が進み過ぎてどろどろに溶けてしまうため、食べるタイミング、製品の選択に充分注意する必要がある。
発酵が半年から一年続くと、生じたガス（二酸化炭素等）によって円筒形だった金属缶は丸く膨らむほどになってしまう。こうした状態の缶はスウェーデン各地のスーパーマーケットでよく見られるが、多くの航空会社では、飛行中の気圧低下により内圧の高いシュールストレミングの缶が爆発し周辺の荷物に悪臭が染み付くという被害を出す恐れがあるとして、航空機内への持ち込みを禁じているため[1]、基本的には航空機より気圧変化が少ない船舶による輸入が主流である。
気密性が高い缶の中で二次発酵を進めているのは、Haloanaerobiumと呼ばれる嫌気性細菌の一種である。この細菌が醗酵の過程で、強い悪臭を生成している。悪臭物質として、刺激臭のプロピオン酸、腐った卵のような硫化水素、腐ったバターのような酪酸、酸っぱいにおいのする酢酸などである。
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